Непрочистениот избирачки список, недоволно објаснување на содржината од Договорот со Грција, отсуство на кампања ПРОТИВ референдумското прашање,  се главните забелешка од мисијата на ОБСЕ и ОДИХР во Скопје. Во извештајот на набљудувачите на гласачкиот процес се додава дека референдумот помина во мирна атмосфера, без инциденти, но сепак „црна дамка“ остави недовербата во избирачкиот список. Затоа препорачуваат негово итно прочистување за да се одбегнат истите проблеми и на следните гласања:

„Почувствував дека нема доверба во избирачкиот список. Се надевам дека Владата и администрацијата ќе го искористи ова време за да го прочистат и преработат избирачкиот список. Фокусирајте се на тоа, за да не дискутираме одново за овој проблем на наредните избори“, Штефан Шенах, совет на Европа

Друга сериозна забелешка од набљудувачката мисија е фактот што на политичките партии не им беше дозволено да имаат свој претставник на изборните места, со што се намали транспарентноста на процесот, како што велат. ДИК водеше информативна кампања , но не ги поттикнуваше граѓаните да излезат да гласаат, се наведува во извештајот, а забелешка има и околу објаснувањето на содржината од Преспанскиот договор:

„Содржината на договорот не беше доволно објаснета. Медиумите ја пополнија оваа дупка со информации за граѓаните да направат информиран избор. Медиумите понудија многу информации преку својата програма, но доминантна беше кампањата ЗА референдумот, а недостасуваше кампања ПРОТИВ“, Јан Петерсен, шеф на мисијата на ОБСЕ/ОДИХР

Според извештајот, над 270 набљудувачи од ОБСЕ/ОДИХР кои го следеа процесот на гласање, не забележале нарушувања на гласачкиот процес од типот  фотографирање на гласачки ливчиња или полнење кутии. Мисијата апелира да се почитува волјата на граѓаните што вчера гласаа, а во иднина да се изнајде практичен начин за гласање на македонските државјани кои живеат во странство.